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EV71是引起HFMD和疱疹性咽峡炎的主要病原体。还可引起无菌性脑膜炎、脑干脑炎和脊髓灰质炎样的麻痹等多种与神经系统有关的疾病，但它们在EV71流行过程中的表现各不相同，差异较大。
EV71累及神经系统主要表现为急性无菌性脑膜炎、脑干脑炎、脊髓灰质炎样麻痹、吉蓝-巴雷综合征等，多发生于5岁以下幼儿，1岁以下婴儿发病率最高。
EV71感染引起神经源性肺水肿的描述主要来源于亚太地区EV71流行的大量病例。
EV71感染多发生于5岁以下婴幼儿，但其易感因素、传播途径、发病机制及流行趋势等均未明确。目前仍没有安全有效的疫苗来预防EV71的感染。
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